1953年，由中南文艺学院、华南人民文学艺术学院和广西省立艺术专科学校之音，武汉音乐学院乐部分组建而成的中南音乐专科学校，是武汉音乐学院的建校起点。1958年，中南音乐专科学校与武汉艺术师范学院合并，组建湖北艺术学院（1972-1978年用“湖北艺术专科学校”名）。1985年改建定名为武汉音乐学院。
三校之音乐部分的各自前身，中南文艺学院的前身中原大学文艺学院及其在1949年接管的武昌艺术专科学校和在1950年并入的湖南大学文艺学院；组成华南人民文学艺术学院的广东省立艺术专科学校、广州市立艺术专科学校和香港中华音乐院；广西省立艺术专科学校的前身广西省立艺术师资培训班等，她们共同构成了武汉音乐学院丰富多样、积淀深厚的音乐教育历史传承。
武汉音乐学院于1979年开始招收硕士学位研究生，是国务院学位委员会1981年正式批准的首批硕士学位授予单位之一，1999年获批“法学”门类的二级学科“马克思主义理论与思想政治教育”硕士点并正式招生，2005年获批为全国首批“艺术硕士专业学位”（MFA）教育试点单位。有“艺术学门类音乐与舞蹈学”和“法学门类马克思主义理论与思想政治教育”2个硕士学位授权学科，2012年开始与武汉理工大学联合招收和培养攻读艺术学理论（音乐）博士学位研究生。
学院重视师生的艺术实践活动，成立东方交响乐团、中华编钟乐团、民族室内乐团、合唱团和附中艺术团、附小艺术团，其中中华编钟乐团与国际著名音乐家谭盾、马友友合作，曾在美国、英国、法国以及香港、北京、上海等地演出；东方交响乐团先后在我国北京、上海、安徽、湖南、大连等演出。
2002年，在湖北省人民政府和中央电视台联合举办的“中国新春音乐会”，先后在德国法兰克福“世纪大厅”和奥地利维也纳“金色大厅”上成功演出，展示了中国古老文明和传统文化，展示了中国作曲家在交响音乐创作领域的成果，展示了中国优秀青年歌家、演奏家的风采。
